松代城跡とそれに隣接する藩主旧邸新御殿は昭和五十六年（一九八一）「松代城跡附新御殿跡」として国の史跡に指定された。長野市では同六十年から発掘調査、保存修理工事などをおこない、平成十四年（二〇〇二）には近世後半期の姿に復元する予定である。主な復元箇所は石垣・内堀・太鼓門・北不開(あかず)門などである。整備されたのは本丸と二の丸の一部で、長野電鉄の線路が本丸の南東をかすめて通っているので、その外の部分には手がおよばない。