保元(ほうげん)・平治(へいじ)の乱前後には、地方の武士が源義朝や平正盛(まさもり)・清盛らに組織されて中央の政争に参加するようになった。とくに伊勢平氏が鳥羽(とば)・後白河(ごしらかわ)院に登用されて勢力を伸ばすと、信濃武士のなかから伊勢平氏と結んで権益を伸ばそうとするものがあらわれ、伊勢平氏らが信濃国内に進出するようになった。水内郡小川荘の下司(げし)清原家兼(いえかね)は、安曇郡池田郷の池田宗里(むねさと)と紛争を起こして殺害されたが、その子孫は伊勢平氏の平維綱(これつな)に書類を引き渡して荘園事務を執行してもらおうとした。これには小川荘の預所(あずかりどころ)であった現地の僧増証(ぞうしょう)が反対し、鳥羽上皇の院庁(いんのちょう)に提訴して勝訴した。

　この平維綱や伊勢平氏の平正盛と又従兄弟(またいとこ)であった平正弘(まさひろ)は、水内郡高田郷や市村郷、更級郡麻績御厨(おみのみくりや)、安曇郡野原(やばら)郷などを所領として信濃からさらに越後にまで勢力を伸長させていた。かれの叔父正家(まさいえ)が信濃国司であったことから、在庁官人(ざいちょうかんじん)らを主従関係に組織したり、国衙(こくが)領を私領として相伝した。高田郷・市村郷は善光寺平の中心的な国衙領であり、後庁(ごちょう)の管理下の用水に依存する所領であった。保元の乱が起こると、正弘の子息家弘・康弘・光弘・頼弘ら一統が崇徳(すとく)上皇軍の中核となった。乱後、子どもらは全員大江山(おおえやま)で処刑され、高齢の正弘は流罪(るざい)となり、所領は没収され後院(ごいん)領荘園とされた。しかし、麻績御厨や富部(とんべ)御厨・市村高田荘などには、正弘の子弟と名乗る在地武士が信濃平氏として割拠していた。布施三郎惟俊(これとし)は正弘の子であり、その孫が富部三郎家俊(いえとし)と自称した。隣接する長田(ながた)御厨は別名保科御厨といったが、ここにも伊勢平氏の影響がおよび、保科氏は一族の保科権八が平氏に味方し、保科太郎は木曾義仲(よしなか)に属した。また維茂(これもち)系桓武(かんむ)平氏からでた平繁賢(しげかた)は白河上皇の院司(いんじ)として活躍し、その子維繁(これしげ)は越後菅名(すがな)荘の領主となり、末子の繁雅(しげまさ)や基繁(もとしげ)は信濃国東条(ひがしじょう)荘の領主になって活躍した。繁雅は東条荘狩田(かりた)郷の領主職(しき)を継承し、基繁や子繁継(しげつぐ)・孫繁氏(しげうじ)は和田郷（古牧東和田・西和田）、長池郷（古牧南長池）の領主になった。このように在庁の住む後庁をもつ善光寺平では、国衙領高田郷・市村郷や布施御厨・富部御厨・東条荘などに信濃平氏が勢力を伸ばしていた。

　北信濃の源氏は、長承元年（一一三二）ごろ、水内郡芳美(はみ)御厨の本領主源家輔(いえすけ)が知られ、国司源国房のころは御厨として公認されたが、それ以後は国衙領井上郷にもどされてしまった。その子孫が源氏井上氏であったが、平氏政権のもとでは冷遇された。村上御厨の源氏村上為国(ためくに)・基国(もとくに)父子も崇徳上皇方に味方して勢力を失った。若槻荘(わかつきのしょう)の領主源義隆(よしたか)も平治の乱では義朝方に参陣・戦死した。子の頼隆は、千葉常胤(つねたね)に罪人の子として預けられた。こうして北信濃の源氏はその多くが清盛の平氏政権のもとで逼塞(ひっそく)した生活を余儀(よぎ)なくされていた。