秀吉にはじまるキリスト教の禁圧は徳川氏にも引継がれ、寛永一四年(一六三七)に島原の乱を引き起し、寛永一六年(一六三九)の鎖国令で一応完結した。しかし、キリスト教徒の追求は益々きびしく、寛永一七年には、宗門改役を置いて教徒を摘発した。これより寺請制度と関連して宗門人別帳が作られるようになった。宗門人別帳は、宗門改帳と人別改帳と二つの性格をもっている。檀那寺ごとに、戸主以下全家族から下男・下女に至るまで、年令・婚姻・出稼・雇入れなど克明に記載されたこの帳簿は、江戸時代後期に至り人別帳(戸籍台帳)的色彩が強くなった。しかし、切支丹制禁のことがゆるめられたわけでない。
　正徳四年の立鳥村掟書にも「切支丹宗門の儀、毎年これを改むると雖(いえど)、猶以て油断無く常々心掛け、若し不審成る者これ有るに於ては、早々申出ずべく、隠し置き脇より顕るるにおいては、名主・組頭曲事(くせごと)たるべき事、附(つけたり)高札古くなり候はゞ、早速申来り建て替えべき事」とあり、切支丹制禁の高札が常時立てられていたことを示している。また、延享四年(一七四七)の刑部村五人組帳(18)前書にも、切支丹宗門制禁のことを述べた後、「宗門人別帳に記し、毎年春中急度指出すべく候事」とあり、宗門人別帳は毎年提出することを義務づけられていたことがわかる。

舟木村人別宗門御改帳
(舟木　矢部泰助家蔵)

　初芝村九軒は、全部真言宗である。江戸時代の人々は、総て、どこかの寺に所属させられた。当初は宗門改めが目的であったが、後には人別帳としての機能を果たすようになった。勘当(かんどう)その他で除籍されると、この宗門人別帳から名前を削られ、無宿人となる。つまり、寺を通して庶民の実態を把握したのである。従って、寺院は努力しなくても一定の檀家を確保できたので、このことが近世の宗教活動を全般に低調とした大きな原因となった。
　檀那寺との関係は、家を離れて他家に住込み奉公をするときもついて回った。つまり自分の家の檀那寺から寺請証文が発行されない限り、住込み奉公はできない。従って、奉公先の宗門人別帳には、「何村誰某倅、何年季にて傭入れ申し候」といったように付記されているのが普通である。切支丹信徒でないという証明書の形をとるが、現代社会において、就職の際戸籍抄本を提出して、身元を証明するのと少しも変わらない。ともあれ、寺院を通しての庶民統制は、江戸時代独特のものといわなければならない。