秀吉時代は、木曽代官の石川備前守、森長可、忠政から田丸中務大輔の岩村、川尻氏の苗木と豊臣方の武将で固められていた東濃も戦後は一変するが、その支配の形式は以前のまま受け継がれたものと考えられる。ところで、中津川、落合、駒場、手金野、千旦林、茄子川の六か村は頂点に立つ支配者こそ一変したが、木曽氏以来この地方に縁の深い旧臣である山村、千村、馬場氏とその一族(木曽衆)が知行主となった。しかし、二知行主入相(あい)から、四知行主入相もあるというように非常に細分化された村もあった。
　慶長六年(一六〇一)美濃一国郷牒によれば、木曽衆の支配の村むらは次のようである。


これを木曽衆ひとりひとりあてに、どの村でどれだけ領したか、中津川市関係分をまとめたのがⅠ-3表である。表から分かるように落合村は山村と千村と折半し、千旦林村は山村八郎左衛門の三〇〇石(村民は三百石方と呼ぶ)を除いて、同じく山村と千村で折半しているが、中津川村は山村道祐領(道祐隠居料)として拝領し、これを山村良勝が受けついでいるので、山村氏・千村氏の全体知行分ではこの中津川村分だけが、千村平右衛門(四四〇〇石)より山村氏(五七〇〇石)が多くなっている。
手金野村[手賀野]は、山村領として駒場村より分村したものであり、駒場村は一村　千村領である。一番複雑なのは茄子川村(一三六八石六升)で、はじめは山村、千村そのほか旗本馬場氏領をいれて八人の領主がいたが、原十郎兵衛ら五人分は尾張領に上知されて、四知行主となった。

Ⅰ-3　江戸時代の村高・領主(地頭)表(中津川市関係分)

・中津川市を構成する江戸時代の村は一二か村と三枝村、四新田村の一九か村よりなる。