慶応四年(一八六八)三月政府は「神仏分離令」を布告した。その趣意は、仏像を神体とする神社は以後これを改める。また本地などといって仏像を社前にかかげ、或は鰐口・梵鐘・仏具を備えている神社は、以後これを改めるなどである。乃ち神仏混淆(こんこう)(わが国固有の神の信仰と仏教信仰とを融合調和すること)を禁止するものであった。
　ここで苗木城の守護神として祭られてきた「龍王権現宮」を、「高森神社」と七月二九日に改称し、領内にその旨を布達した。同時に本尊の大日如来像と不動明王および「光燿山」の額、その他安置されている木仏等一切を取払うこととなった。