村役人の長を名主(なぬし)とか庄屋と呼び、東日本では多く名主といい、西日本では多く庄屋といった。藩政の末端行政を掌る庄屋の役目は、村単位で割り当てられる年貢を完納することが最も重要な任務である。このほか、村の中の道路・用水などの土木工事・戸籍関係・宗門改め・田畑家屋の売買・証明訴願の奥印・村人の生活上の世話など、村内の公私すべてにわたって村の行政官でもある。庄屋は、庄屋事務を自宅にあてたので、村民はこれを庄屋所(どこ)とよんだ。
　このような庄屋が、いつごろからできたのか判然としないが、『福岡村庄屋之つり書』によれば「福岡村庄屋ハ慶長一二年ニ始ル、其以前庄屋無之由(後略)」とあり、さらに、苗木藩は慶長七年(一六〇二)「代官勤方定書」[県史・史料編近世　二巻]が、藩主友政より加茂郡切井村の庄屋・小百姓あてに出された文中に「村々庄屋」の文言があって、このころ、領内村々にはすでに庄屋があったことになる。庄屋は普通各村ごとにおかれるのであるが、宝永年間のころ苗木領四六か村のうち、庄屋が居たのは三一か村だけで、村高一〇〇石に満たない小さな村へは統合しておさめる兼帯庄屋が置かれた。兼帯庄屋は白川筋・佐見川筋に多かった。延享二年(一七四五)天領となった下野村では、残地分高七九石七と、東組田代組・大原・小野沢の計三二戸が隣接の上野村庄屋の管轄をうけることとなった。
　これらの庄屋は、行政の末端事務を請け負うわけであるから、藩は「庄屋給米」を支給しているが、庄屋へすべてではなく、元禄期には八か村(福岡村が入っている)の庄屋に一人一石五斗の支給を受け、その総計は一七石となっている。この他の庄屋の場合は、給米が支給されないかわりに、「高役(たかやく)」(石高に応じて賦課する課役)を免除されていた。このように庄屋は草分百姓が近世の村が形成されるにしたがって、代官・領主から世襲的に任命されることが多かった。――田瀬村の丹羽家や、高山村の後藤家。しかし、下野村・福岡村では初期に「入庄屋」といって隣村より書算に通ずる者を任命し、年番庄屋が現われてきた。寛政年間大石久敬著『地方凡例録』に「庄屋は家が固定し、数代連綿と勤続し、たとえ大高持の富裕百姓でも、その家でなければ庄屋にはなりえない。それで庄屋の威光が強く、その下知にそむくことが少ない。その反面、勢いにまかせて横暴となる。そこで享保の頃より一代勤め、または年番庄屋が現われてきた。しかし、百姓仲間ゆえ役威がうすく下の示しがつかず、村中不取締の儀も多い。結局いずれがよいかわからない。」と両者の可否を述べている。
田瀬村庄屋系譜

下野村庄屋系譜

福岡村庄屋系譜

高山村庄屋系譜

　田口新兵衛は、天領となる以前の延宝元年(一六七三)下野村庄屋に就任するが、福岡村・田瀬村との境界ならびに入会地山論争いの解決に積極的に奔走した。しかし、結果的にはいわゆる「新兵衛新四郎事件」として、藩に反抗する者は容捨せずとの決着で、一家死罪という極刑をもって自決に追い込んでしまった。
　また、福岡村庄屋深谷新五兵衛は宝暦七年(一七五六)、年貢上納金借用の廉により庄屋役御免となっているし、宝暦一一年(一七六一)四月あやつり芝居興行御法度につき、福岡村庄屋へ吟味を命ぜられたが、虚偽の報告をしたため、「庄屋遠慮」(自宅謹慎の罰)をうけている。
　このようにして、庄屋は藩から任命された村の行政役人であって、庄屋としての勤務が問われ永い治政の間には、庄屋を命ぜられることを拒んだり、反対に選挙(入札)によって選ばれ藩の審査に適って赴任する例も数多くあった。後期になると村役の権威を保持するため、藩主よりその身一代に限り苗字・帯刀の格式を申し付けられることもおこなわれた。