九十根村を知行した旗本真田氏については、経田村のところで述べたように、武田氏、北条氏に仕えた真田氏本家の三代幸信の弟幸吉が、承応二年に五〇〇石を分与されて分家した家である。山辺郡がその知行地のなかに含まれていることから、九十根村の三〇八石もその年に同氏の知行下に置かれたものと思われる。
　寛政五年の段階では、持添新田分二〇石余が内方鉄五郎代官領となり、その分だけ村高も増加する。