京都には関ヶ原の直後に所司代として、奥平信昌が置かれたが、翌年信昌は板倉勝重に代えられた。さらに伏見に松平康忠、堺に成瀬正成、京都に加藤喜左衛門、伊勢山田に神部貞永、長崎に寺沢広高がそれぞれ奉行として置かれた。また奈良は慶長十三年（一六〇八）に筒井定次（伊賀上野二十万石）を御家騒動に乗じて改易とし、その家臣中坊秀祐を取り立てて奉行としたことなどはその一例である。