公家・諸寺社に知行安堵、または加増が与えられた。なお「諸式寺社法度の儀」に厳重な申し渡しがなされた。
　寺社領は寺院や神社が領有・支配する土地である。寺社奉行は寛永十二年（一六三五）はじめて（譜代の大名役三名を）置き、全国の寺社・僧侶・神官・寺社領の人民を支配し、その訴訟を裁き、関八州以外の直轄領の人民の訴訟も聞いた。
　社領は神領（古代的な名称）とも呼ばれ寺領とともに「社寺領」と総称された。
　古くは、神社を国のものとし、山林をふくむ広大な共有の神地・神域として、その伐木などは祟（たたり）があるとして禁制したことがある。
　江戸幕府の朱印状によると社領は九百八十五ヶ所、約十五万石（寛文朱印帳）であったという。