本村には、これまで記述したように、数多くの古墳が各地に分布し、那須国時代から下野国への併合時代にかけてのものがみられたわけである。これらの古墳は、当地方に居住した支配層である豪族の墳墓であるが、被支配層である庶民もまた多く村内に居住し、各地に集落を営み生活していた。これが集落跡である。
　古墳時代から奈良・平安時代にかけた、所謂古代の集落跡は、畑・水田・宅地などに土師器や須恵器とよばれる土器片が散在しているので、その散布範囲などを調べることによって、集落の規模をある程度推定することができる。このころの集落跡の調査は、本村では蛭田富士山古墳群内と湯津上地内の小松原遺跡で行われた程度であるので、まだ十分には解明されていない。
　蛭田富士山古墳群内に存在した住居跡は、さきにも触れたように、三軒発掘されたにすぎない。しかし、付近一帯の調査を行うならば、多くの住居が存在し、一集落を形成していたことが判明するであろう。ここで発見された住居跡は、和泉式（いずみしき）期のものであるので、五世紀代のものということができる。また、小松原遺跡からは奈良・平安時代の住居跡が発見されており、真間式（まましき）・国分式（こくぶしき）とよばれる土器が出土しているので、八世紀から十世紀代の集落跡であることがわかる。
　本村内にある古代集落跡は、湯津上、蛭畑、蛭田、新宿、佐良土地内に多くみられる。これらの地域にみられる集落跡は、那珂川の段丘上や水田周辺の微高地、台地縁辺や、その先端などに立地している。四世紀代の集落跡はまだ確認されていない。この時期の土師器は五領式（ごりょうしき）とよばれるもので、小川町内からは発見されている。今後の精査によって本村からも発見されるかも知れない。五世紀代の集落は、先に記した蛭田富士山古墳群内にあることが確認されており、六世紀代から七世紀代のものは湯津上地内の岩船台や佐良土地内の佐良土小学校敷地に集落が営まれていたようである。とくに、岩船台には和泉式・鬼高式（おにたかしき）・国分式などの土器が散在しているので、かなり長期にわたって集落が営まれていたことがわかる。
　五領式や和泉式期の集落は、比較的規模が小さい。数軒または十数軒が一つの集落単位であったらしいが、住居は竪穴住居で、住居のほぼ中ほどに掘りくぼめて炉を設け、まだカマドは出現していない。これに対し、六世紀代以降の鬼高式・真間式・国分式期の集落になると、十数軒ないし数十軒以上の大規模なものとなり、炉にかわってカマドが竪穴住居の壁中央部辺に設けられるようになる。
　いずれにせよ、湯津上村内に古代の集落跡をのこした人びとは、付近の沖積地や低地を農耕地として選定し、水田耕作を営んでいたのである。弥生時代にはあまり開拓されなかった本村も、古墳時代に入ると積極的に水田耕作が行われ、畑耕作と併行しながら生産活動が展開されたわけである。