医療自体が生み出す「医原病」もまた、この時代の特徴であった。整腸剤キノホルムがつくり出した神経マヒのスモン、血友病の治療薬として使用された米国産の非加熱濃縮血液製剤など、いずれも患者に投与されて被害を引き起こした「薬害」である。ここではスモン、薬害エイズを含むエイズ問題、らい予防法廃止とハンセン病患者の「医療と人権」問題について概要を記すことにする。
　スモン(亜急性脊髄視神経障害)は、マヒとともに失明や歩行障害を遺す原因不明の疾患とされ、急増した昭和三十六年から四十四年頃にかけて、札幌市内や集団発生した釧路市(死亡六人)ではウイルス説が流布し、患者がいわれなき差別を受けることもあった(薬害スモン全史第一巻)。四十四年の厚生省の調査開始以降、キノホルム剤が販売禁止(昭45・9)となり新患者が激減したのに続き、四十七年になり、初めて疫学実験根拠に基づいてキノホルム剤服用が神経障害を起こしたとの判断が発表された(厚生省五十年史)。
　一方、患者は大学病院や薬局で下痢止めや整腸剤としてキノホルムを服用し続けた結果、スモンに罹患した。患者は女性が多く、家庭生活を破壊され「早く楽になりたい」と自殺者が相次いだ。薬害は明らかにされたが、肉体・精神的苦痛、医療費や生業不能による経済的損失、介護負担と犠牲など、家族ぐるみの生活破壊は「生き地獄」そのものであり、患者は厚生省が把握しただけでも全国一万一〇〇七人、そのうち北海道は四四八人(四・一パーセント)、スモンによる死亡者は二年半の間(昭47・7・1～49・12・31)に全国一九二人にのぼる未曾有の大規模薬害となった。
　被害者による地元地裁へのスモン訴訟は全国に拡大し、札幌では四十八年二月四日、「北海道スモンの会」(会員一〇三人)が結成され、投薬証明書の発行を求める活動を行い、投薬証明書が得られない場合であっても、医師の診断書と道知事による難病特定疾患スモンの認定書の保持を条件に訴訟に臨んだ。北海道訴訟の特徴は投薬証明書のない患者について医師らにスモンと認定するよう公正な鑑定を望み、早期救済を求めたことであった。
　四十八年十一月、被害者一六人(札幌市内九人)が、国と製薬会社三社(田辺製薬・日本チバガイギー・武田薬品工業)を札幌地裁に提訴した。判決は五十四年五月十日、キノホルムが唯一の原因と断定したうえ、国や企業の責任発生を昭和三十五年とし、安全確保義務違反は明白であるとし、損害賠償金の支払いを命じた。同年九月十五日、札幌高裁による和解勧告に対して、患者側と国と製薬会社三社との和解が成立した(道新　昭54・5・11、54・11・11)。この間、釧路支部被害者も含め道内の原告は二四九人となった。
　このようなスモン、サリドマイド(昭49年和解成立)両訴訟による裁判闘争の結果、薬事二法が五十四年九月七日改正され、副作用被害未然防止のため、安全性の確保を製薬企業や販売業等に明示させ、危害発生時には拡大防止のため厚生大臣による販売停止、承認取り消し、回収規定などが盛り込まれた。また、被害救済は、医薬品製造業等を被保険者とする「医薬品副作用被害救済基金」を開設し、賠償対策とした(厚生省五十年史)。