目黒川は地形のため少しの雨量でもすぐに溢水して、流域の村民は、浸水・冠水などの被害にしばしばなやまされていた。江戸時代にはいってから記録に残る目黒川洪水の初見は「続日本王代一覧」の寛永八年（一六三一）九月の条に「大風雨、被害多大、目黒川洪水」とあるが、くわしい被害状況は明らかでない。品川近辺に関する記事としてこれ以後正保元年（一六四四）八月四日、連日の豪雨のため六郷川（多摩川）・荒川に出水があったが、このとき「柳営日次記（りゅうえいひなみき）」（幕府の日記）に

　　品川・板橋・王子・浅草・千寿（千住）・高田・目黒・六郷・戸田・市川右の所に見分のための御徒衆を遣わさる。

と、幕府より被害状況視察の役人が、品川・目黒にも派遣されている記事がみられるが、当然このときには、目黒川も氾濫したと考えられる。

　正保の大洪水のあと、寛文十一年（一六七一）・延宝五年（一六七七）・同八年（一六八〇）・元禄十六年（一七〇三）宝永四年（一七〇七）などの断片的記事は諸書に散見するが、具体的な事例は記録されていない。しかしひとたび暴風雨や地震などで、江戸湾を高潮や津浪が襲ったときには、かならず目黒川の河口では溢水の被害をうけていた。

　居木橋（現大崎一丁目付近）に昭和初年ごろまで住んでいたある古老はこんな話をしていた。「むかし（寛永ごろ―一六三五―）は、村の中心部落は小字本村（現大崎一丁目七～十七番地付近）にあって、村の旦那寺である観音寺も、品川境である目黒川べりの旧鎌倉街道近くに建っていたが、目黒川の洪水に何回も襲われたので、村といっしょに丘の上の字原畑通り（現大崎二～三丁目一帯）に移転したと伝えられている。またこの本村のヤトの神である『子ノ神社』も、以前は森永橋の南橋詰東側（大崎一丁目）にあって、ここの境内にある名木〝居木（いるき）の松〟（居木橋村名の起源）を移動した村民が、部落の源地として記念にしていたが、この名木も安政三年（一八五六）八月の暴風雨で倒されて、いまはなくなってしまった」と目黒川洪水の被害による悲しい昔物語を教えてくれた。