高度経済成長が、首都圏の社会経済的発展を促進するにつれて、東京港の拡張・整備の必要は焦眉の急とされた。その結果、在来の計画を遙かにうわまわる東京港改訂港湾計画（昭和三十六年～四十五年）が立案されるに至った。このような計画のもとでは、埋立地の造成は内湾漁場全域におよぶ規模となるために、従来のような局地的漁業補償では問題は解決せず、内湾全漁業者との間で、漁業権を全面的に放棄する全面漁業補償協定を結ぶことの必要が生じた。

　このようにして、昭和三十四年十月に東京都内湾漁業対策審議会が設置され、翌三十五年十二月に臨時内湾漁業対策本部が設けられた。同年十二月審議会は、（1）都・国の発展のため都が目下企画中の事業を優先させることが妥当、（2）漁業者が受ける損失に対しては、公正・妥当な補償、その他あたたかい配慮が必要などの答申を都知事（東龍太郎）に出した。この答申の主旨にそって、補償対策・転業対策をたてるほか、残存水域における漁業の実施方針を定め、補償的措置をとることが決定された。さらに三十六年九月には、東京都と漁業者側との補償交渉機関として、「内湾漁業対策協議会」が設置され、もっぱら問題の解決をはかることとなった。

　このような経過をへて、補償問題が全面的に協議されるに至った背景には、漁民たちによる強い補償要求の動きが、すでに早くからあった。たとえば、昭和三十三年六月十日に、本州製紙の工場排水のため大量の魚貝類が死滅した本州製紙事件が起こった。この事件を契機として、同年六月二十七日、日比谷公会堂で「東京都漁民大会」（参加者　約三〇〇〇人）が開かれ、「水質汚濁防止と合理的な漁業対策の実現」を政府および都に強く要求する宣言と決議文がつくられた。また、大井埠頭埋立工事や土捨場に関して、漁民は実力行使をもって都に抗議した。とくに大井埠頭をめぐる都港湾局との折衝には、大森漁協とともに品川浦漁協があたることとなり、同漁協の組合長高石秀行は、前記の東京都内湾漁業対策審議会の委員のひとりとなった。

　昭和三十六年六月十七日、品川浦漁協と品川東部漁協を含む中部七ヵ浦組合は、都との間に、次のような補償契約と都有地譲渡に関する契約をとり結んだ。それは、大井埠頭埋立についての都からの補償金七九二万五〇〇〇円をもって、漁民側は、品川区大井鮫洲町二〇九番一号ほか五筆の土地を、都から譲渡を受けたことを意味する。それは、大森漁協の場合とは違い、右七ヵ浦の場合は、土砂を直接漁場に投下され、海面が陸地に変じたことが、補償の原因となったことにもとづくものであった。ただしこの補償は、大井埠頭埋立に関して過去において蒙った被害に対するものにほかならない。

　大井埠頭に関する補償には、古く京浜運河開さくの際にまでさかのぼる複雑な問題が介在したが、品川については、右のように一応の解決をみた。従ってそれ以後は、いよいよ漁業権の全面的放棄を関する交渉がはじめられた。都では各漁協から選ばれた代表者との間に折衝をかさね、三十七年三月には総額二七〇億円の補償金額を提示した。

　これに対して漁業者側からは、一、二九〇億円という対案が出された（五月二日）。その後、漁業者側の要求額は七九〇億円に縮減され（六月五日）、三十七年八月に至って、都側は補償額三一五億円を示したが、漁業者側からは、三六〇億円の対案が発表された。

　以上のような経緯をへて、三十七年十二月三日、都議会議長の斡旋により補償額三三〇億円で漁業補償協定が成立し、調印式がおこなわれた。当時の『朝日新聞』は、「消えゆくノリ舟」という見出しで次のように報道している。

　当時、品川浦漁協は、高石秀行ほか一三七名の組合員をもち、品川東部漁協は、堀江三吉ほか四一名の組合員を擁していた。これら二組合の受ける補償額は、別表（第240表）の示すとおりである。これらの補償金は、各漁協組で配分委員会をつくり、組合員個々の業態や実績を検討したうえ、数段階に分かれた配分額を決定した。これらの漁協が、補償金の配分を終えて解散したのは、昭和三十九年度であるが、三十七年の暮れから翌年にかけての時期に、両漁協のもっていた漁業権が放棄され、長い歴史をもつ品川の漁業は、ここに終焉をつげることになったのである。