その後、富山県教育委員会とも調整を行った上、市文化財課と連携をとりながら、具体的な調査内容やタイムスケジュールそして文書調査員等の検討を行うと共に、全体の調査費用の算出や平成二十一年度の事業費の確保に向けた作業を開始した。こうした準備作業を経て、本調査は平成二十一年度から平成二十三年度までの三ヵ年にわたり、富山県と高岡市の補助を得て、(財)勝興寺文化財保存・活用事業団が実施することとなった。
事業計画は次のとおりである
| 平成二十一年度 | ①文書の仕分け (対象とすべき文書と断簡の仕分け) |
| ②整理 (整理用封筒を使用し、収納箱に収納) | |
| ③解読 ④データ入力 | |
| 平成二十二年度 | ①整理 ②解読 ③撮影・データ入力 |
| 平成二十三年度 | ①整理・②分類・配列・③解読・④データ入力 |
| ⑤「勝興寺文書目録」の刊行 |