以後荒木村重は信長の部将、摂津の大名として各地に転戦する。天正三年（一五七五）には播磨に兵をだし、信長の配下となった御着（ごちゃく）城（姫路市）の小寺政職（まさのり）や龍野城（龍野市）主赤松広英（ひろひで）ら、播磨の諸城主から人質をとる仕事を果たした。さらに信長から天正元年、備前・美作（みまさか）・播磨を与えられていた浦上宗景の本城、備前国和気郡天神山城（岡山県）に兵粮米（ひょうろうまい）を送りこみ、毛利氏に対する西の守りをたすけるはたらきをした。
　翌四年、石山本願寺がふたたび信長に対抗し決起したので、信長は三たびめの石山攻撃を開始した。その攻撃軍のなかに村重も部将として名を連ねた。信長は石山本願寺や毛利氏らに備えて、村重には尼崎の海上封鎖を命じ、北野田にとりでを三つ並べて築かせた。また淀川の水路をおさえて、石山城への糧食搬入の阻止につとめさせた。
　村重はさらに信長の命を受けて、摂津各地に一〇ヵ所のとりでを築いた。すなわち村重みずから有岡城を居城としたが、尼崎には嫡子村次をおき、高槻には高山右近友祥、茨木には従弟中川清秀、吹田には弟吹田某、西成郡大和田に阿部仁右衛門、能勢に能勢十郎頼通、多田山下に娘むこの塩川伯耆守国満、有馬郡三田に荒木平太夫重堅（しげたか）、兵庫華熊に従兄荒木志摩守村正と、一〇ヵ所に築いたとりでがこれであった。これによって村重は、摂津の海・陸ふたつながらの防衛を固めたのであった。
　村重にとって、天正のこの数年間はまさに得意の時代、栄光の時代であった。
　天正五年、羽柴（はしば）秀吉らと紀州雑賀（さいが）（和歌山県）攻めに従い、同六年、同じく秀吉らとともに、播磨上月（こうずき）城（佐用郡上月町）を攻囲していた毛利氏と対戦した。