明治四年七月十四日の廃藩置県により、藩権力はその力を失い、新政権の力が全国に及ぶことになり、七月二十九日太政官職制が公布されたが、それにさきだつ七月十八日に、文部省が設置された。大学の有していた中央教育行政機能は、文部省に移った。