室町時代、守護の初見は、鎌倉幕府が滅んだ年である元弘3年（1333）、岩松経家の補任（北朝から）で、この経家は建武2年（1335）の「中先代の乱」において戦死、のち、延文4年（1359）近江の守護佐々木道誉が飛騨の守護に補任された。
　佐々木氏は、応永2年（1395）に隠岐、出雲両国の守護も兼ね、本国の近江を含め、4カ国の守護となり、その後六角家と京極家に分かれている。
　一方、南朝側からは建武年中（1334～1335）に姉小路家綱が国司として下向している。姉小路は、古川（飛騨市古川町）を中心とした飛騨北部を治めたのに対し、北朝守護側の勢力は主に飛騨南部を中心としていた。応永18年（1411）、足利4代将軍義持の命を受けた京極高数らは、国司姉小路を討ち、それ以後、姉小路は古河、小島、小鷹利の3家に分裂した。
　その結果、飛騨は、神岡（飛騨市神岡町）に江馬氏、古川盆地に姉小路3家、南飛騨に京極家と、3氏が鼎立（ていりつ）することになる。
　この時、飛騨には北朝側である京極氏の被官として三木氏が置かれたが、この三木氏は先に登場した佐々木氏の一族である。
　京極側では北飛騨の国司姉小路をどんどん攻め、一族の多賀氏を派遣、高山に多賀山城（高山城の位置）を築かせた。
　しかし繁栄した京極家も応仁の乱（1467～）頃には相次いで没落した。その中で、争いにまきこまれなかった京極氏の被官は土着し、飛騨各地域で勢力を伸ばすことになる。