明治になると、庄屋・名主・年寄という旧来の町村役人はすべて廃止され、行政事務の一本化が図られた。これにより旧来の行政区画が戸籍法に定める区画となり、飛騨は慶応4年（1868）に飛騨県と名を変え、1月後には高山県と改称した。
　明治4年（1871）、筑摩県となった飛騨3郡は6大区（第25大区から30大区）に区分され、明治9年岐阜県管下に入った飛騨は第13大区から第18大区となった。村々には正・副戸長が就任し、各村の一般行政事務に従事した。この大区小区制は、明治12年2月に廃止され、新しい郡区町村編制法により町村を独立させた。