市域の村々を近世に支配した諸領主は、徳川代官・大名・旗本などとその種類は多くにわたり、しかもそれらの諸領主の所領が複雑に入り組み、年代によりさまざまに交替した。ここでは一七世紀の後半期以降について、市域に飛地をもった遠隔地譜代大名を中心に、それぞれの支配領主の系譜・経歴の大略と、支配した村落につき述べてみたい。

　淀藩石川氏は河内石川源氏の系統をひくといわれている。淀藩主石川主殿頭憲之は、寛永一一年（一六三四）、近江膳所藩主石川忠総の長子たる康勝の長男として生まれた。父の死去により嫡孫となり、慶安四年（一六五一）四月、祖父忠総の遺領を継ぎ、同時に、本多下総守俊次と交換に、近江膳所から、伊勢亀山へ転封になった。のち、寛文九年（一六六九）年二月、淀藩主永井尚征が丹後宮津に国替えになり、代わって、一万石加増され淀城（現京都市伏見区）に入部し六万石を領有した。その所領は、山城の淀城近辺のほか、河内国古市・石川・高安の諸郡、摂津国嶋下郡、近江国栗太・野洲・甲賀の三郡にまたがっていた。市域で領有した村々は、新家・喜志・中野・新堂・毛人谷・富田林・板持・山中田・北大友・南大友・北別井・南別井の諸村に及んでいた（表27）。

　憲之は、また、延宝五年（一六七七）からの畿内・西国筋の幕領の延宝検地に際しては、山城国内の幕領検地を担当した。元禄八年（一六九五）四月、大久保忠朝の屋敷で将軍綱吉に論語を講述するなど、学問を好み儒学に明るい大名であった（『新訂寛政譜』）。憲之のあとは、義孝・総慶と続いたが、総慶のとき正徳元年（一七一一）二月、備中松山へ転封になり、淀藩石川氏の支配は終った。

　石川総慶と入れかわりに、淀藩主として入部したのは、美濃加納藩松平（戸田）丹波守光煕（みつひろ）であった。淀藩主として石川氏をひきつぎ、山城国久世・綴喜（つづき）・紀伊・相楽の各郡と、河内国石川・古市・高安の各郡、摂津国島下郡、近江国野洲・栗太・甲賀の各郡にまたがり、計四カ国一一郡で約六万石で、市域内に領有した村落も変わらなかった。光煕の死後享保二年（一七一七）一一月に松平光慈（みつちか）が襲封したが、淀から志摩国鳥羽へ転封になった（『新訂寛政譜』）。