大阪府の郡制は、明治三一年（一八九八）六月一日に施行され、郡は地方自治体としての性格を有することになり、議決機関として郡会が設けられた。郡役所は引き続き富田林村に置かれ、郡長も深瀬和直が留任し、職員は表56のとおりであった。郡会議員は、各町村会で選挙される町村選出議員と大地主選出議員とからなり、町村選出議員の定員は各郡二〇人、任期は六年で、三年ごとに半数を改選することになっていた。郡内町村の公民は、すべて選挙権を有し、無記名投票であった。原則として各村一人を選出するが、南河内郡の村数は四九か村であるから、人口を標準として二、三か村を組み合わせて一人を選出することになった。その選挙区域は表57のようである。選挙は六月一五日に実施されたが、農繁期ということもあって低調で、特に合併町村の投票率は悪かったようである。大地主選出議員の任期は三年、その資格は地価一万円以上を有するもので、南河内郡の該当者は三一人であったが、町村選出議員の三分の一を超えることはできないことになっていたので、七月一日に郡役所で互選会が行われた（『大阪朝日新聞』明治31・4・26、6・1、6・25）。七月二二日に臨時郡会が開かれ、郡会議長代理者に中野新十郎（大地主議員）、郡参事会員に田中源太郎・乾倉次・田中彦太郎を選出した（『大阪朝日新聞』明治31・6・23欄外）。翌三二年三月、郡制の改正によって大地主議員は廃止され、町村選出議員も四年任期の全員改選と改められ、南河内郡の定員は三四人と定められた。選挙は九月三〇日に行われたが、選挙区・当選者は表57・58のとおりである。

　郡は課税権を持たず、郡制が施行されても収入の大部分を町村の負担金に頼っていた。表59は富田林村外四十九ヶ村組合と南河内郡の各村の負担金である。二九年度富田林村外四十九ヶ村組合の負担金は、地価割一〇分の五、戸数割一〇分の五の割合で賦課され、南河内郡の町村分担金は前々年度の直接国税府税徴収額を基準に賦課された。富田林村外百八十五ヶ村聯合会の二一年度予算は一三一六円九七銭五厘で、すべて各村分担することになっていた。明治二九年度富田林村外四十九ヶ村組合の町村負担金（組合町村税）は、富田林村外百八十五ヶ村聯合会の明治二〇年度予算四六九円六三銭六厘を上回っているが（富田林市所蔵文書「富田林村外百八十五ヶ村聯合会議事録」）、三二年度の南河内郡の町村分担金は、その四倍になっている。町村分担金は、明治三九年度には若干減少するものの、四三年度には二倍になり、大正三年（一九一四）には二・四倍、五年には二・八倍と急増している。明治三七年第二一回帝国議会以降、郡制廃止が議会でしばしば問題になる一因は、このような負担の重さにあった。第一次大戦後、郡の財政規模が著しく膨張するが、歳入の六〇％は町村分担金で占められ、明治三二年の一七倍余に達している。