日吉神社の社殿は、本殿・拝殿・神輿庫および社務所等であるが、拝殿と本殿は連結されて一つのようになっている。
　このうち、
 
　拝殿……木造瓦葺、入母屋造りで、大正六年四月の建立である。
　神輿庫…木造、銅板葺、宝形造り、方三・〇三メートル、高さ三・六四メートル程で、明治年間に大林寺より移転したものであるが、本殿は寛政六年(一七九四)にこれをたて、明治二六年(一八九三)に銅板葺きとなったものである。
 
　この本殿の建築について、昭和三七年(一九六二)八月刊行の「東金祭－資料篇－」に次のように記されている。
 
「本殿は木造、桧はだ葺、流れ造りで、軒が唐破風になっている。
　内陣は、二・七三メートル丸柱で、縁側は幅九一センチで三方を廻らし、後方は脇障子にてさえぎる。高欄は、高さ四五・四センチで擬宝珠(ぎぼしゅ)の柱の高さは七五・八センチぐらい(後世の補作で内陣より新しい)擬宝珠(ぎぼしゅ)は真鋳。
　屋根は下に二重垂木(たるき)(二軒とも云う)を廻らし、鬼板は、獅子で蟇股(ひきまた)は猿の親子が桃をもったところの透彫(すきぼり)である。その前に昔は扁額(社号を記したもの)でもかかっていたのであろうか。釘が虹梁(こうりょう)にさし込んである。虹梁には唐草模様(若葉模様とも称す)が彫ってある。
　正面、階の前方左右の柱には、登龍の胴の浮彫と思われ、木鼻にかけて、竜の丸彫、内陣の両扉の左右の柱の木鼻は、竜と獅子の丸彫となっている。
　また、扉の上の墓股は、鳳凰(ほうおう)の透彫、扉は左右とも格子となっており、各間に孔雀あるいは鳳凰、青竜、羽根で飛ぶ馬(天馬ともよんでいるようである)、唐草、波等で浮彫である。
　また、海老虹梁の前方上部に菊花彩色の丸彫あり。脇障子板にも、左右とも竜及び雲の彫刻あり。尚、両側面の破風(はふ)、懸魚(げぎょ)、降り懸魚、大瓶束、蟇股、虹梁、その他にも彫刻、装飾彩色が施してあるが省略する。」
 
　これをみてもわかるように、本殿は社殿の中で最も古い建造物である。