一揆のやや鎮静した一月一〇日頃から、頭取や同類の捜査が開始された。続々逮捕されて、伝馬町の牢屋敷に送られ「御吟味」を受けた。その結果、明和三年二月一三日に判決が言い渡された。一揆の頭取とみなされた関村名主兵内は即刻打首となり、「在所（関村）で獄門」となった。そして、遠島以下「急度（きつと）叱り」・過料（罰金）まで三六九人が処罰された。
　表―44は、処罰されたものの内、武蔵国だけの分を郡別に表わしたものであり、表―45は、その名前を示したものである。


　坂戸周辺では、「武上騒動記」に次のような記事がある。
　　明和二年夏の初めに、藤金新田伝蔵、紺屋（こうや）村彦四郎、天沼村勘之丞は御差紙（召喚状）にて召し呼ばれ、入牢を仰せつけらる。その後、坂戸、下浅羽、上浅羽、厚川、吉田、片柳の村々より大勢御差紙にてまかりいで、宿預け、あるいは入牢を仰せつけられ候うち、片柳村のもの牢死二人、所払い二人、片柳村十左衛門、吉田村新左衛門、右のほか何れも御免なり。
　川越・入間地方は明和元年の暮から二年正月にかけて、打ちこわしの波が荒れ狂った地帯であるから、高麗郡と入間郡の一四か村から多くの被処罰者が出ている。
　このうち「所払い」となった吉田村名主新左衛門は、打ちこわし勢の鎮圧を幕府に要請するため江戸へ出向いた坂戸・吉田・片柳三か村名主の一人である。彼が一揆発頭人あるいは参加者として処罰されたとは考えられない。この事件では幕府の役人も多数罰せられておるので、あるいは役人との関係が背後にあるのかも知れない。
　片柳村の百姓二人が獄内で死亡しているが、他にも牢死する者が多く、「尚風録」によると、半年かそこらの留置期間中、入牢者一〇〇人余りのうち、牢死者の数は三〇人余りもあったという。さすがの幕府も「あまり不憫（ふびん）に思（おぼ）し召し、いかなればかほどまで牢死致すやらん」と調査の結果、待遇改善に着手したという。
　どの事件でも入牢者のうちでの牢死者が非常に多い。その場合、牢内で一服盛られて毒殺されたと一般に信じられているが、『江戸の司法警察事典』で笹間良彦氏は、それを否定して次のように書いている。「初牢の者は牢内の臭気（しゅうき）に当って疫病となる。臭気もさることながら、日光も射さず、掃除も行届かず、不衛生で虱蚤（しらみのみ）の巣となっている中に閉じこめられているから、病気になるのは当然である。しかも拷問や牢内掟で身心共にいためつけられているのであるから、ちょっとした風邪でも大病となり、暗殺も行なわれるのであるから、毒殺されたのであろうと世間で疑うのも無理ではなかった。」