辻垣遺跡群で出土した、縄文時代以来使われ続けた石器には、打製石斧、打製石鏃、スクレーパー（皮を剥いだり肉を切る刃器）などがある。それらの石斧の中には、全体の形がバチ型、短冊型になっている磨製石斧があるが、これは同じ磨製でも大陸系のものとは系統が異なる縄文石斧の系統を引いたものである。
　打製石斧は多量に発見されていて、その石材の種類には、緑色片岩、縞状泥質片岩、縞状珪質片岩などがあり、京都平野周辺の変成岩帯に産するものである。それ以外の石材は、使用しないと言っても過言ではないほど極端に素材が限定されている。石斧の作り方は縄文時代以来の技術を踏襲し、遺跡からは作りかけの未製品も出土することから、母岩を集落まで運び込み、そこで作っていたものと推定される。
　打製石鏃はサヌカイト（安山岩）と姫島産黒曜石製が多く、他に腰岳産黒曜石、チャートなどがある。京都平野以外の地の石材が多い点が、打製石斧と大きく異なるところである。打製石鏃は縄文時代にもあるが、このことは、前時代の縄文時代から確立された石器の流通ルートがそのまま弥生時代に継承され、機能していることを示している。
　それでは、打製石鏃はでき上がった製品として持ち込まれたのであろうか。今のところ遺跡からは黒曜石類のチップ（作る途中でできる残りかす）は見つかっていないので、どうやら製品としてもたらされたのではないだろうか。一方、サヌカイトは遺跡から多くのチップ（製品にならないかけら）が見つかっている。サヌカイトは原石あるいは適当に粗割したものを持ってきて、地元で最終的段階まで仕上げたものであろう。黒曜石製のものとサヌカイト製のものの形を比較しても、そこに差が見出せるのは、製作者が違うことを示している。スクレーパーはサヌカイトがほとんどであるが、姫島産黒曜石を用いた珍しいものも見られる。
　台石や磨製砥石という、それほど厳密に石材を選ぶ必要のない石器では、それに用いられる石材は砂岩が多い。他に花崗岩もある。おそらく、近くの河岸に落ちている雑多な石を使ったのであろう。