七ヵ所の城門のうち、これまでに確認調査を終えたものに第二東門がある。この城門は昭和四〇年代に定村責二氏らの踏査で確認されたものである。城の南東部の外郭線に開く門で、標高一六〇メートルという高い場所にある。
　門道の両側壁は切石積であるが、基底部を除く大部分が崩落し、わずかに前面北側袖部に六段ほどの石積が残っていた。門道の幅は約三・三メートルで、長さは約五・六メートル。門道の床面は城外側が低いため、斜面を登って城内に入ることになる。門道南側のみ完掘したが、柱穴、礎石などが確認されていないため、門の構造の解明が課題として残された。
　この第二東門からは神籠石の築造時期を示唆する、土師器の甕片や須恵器長頸壺片が出土している。これらの遺物は七世紀後半のものと考えられ、御所ヶ谷神籠石が少なくともこの時期には築造されていたことを示している。