山陽道・西海道・南海道と京を結ぶ物資輸送の大動脈である瀬戸内海において九世紀中葉以降海賊が出没するようになる。一時その活動は鎮まるが、承平年間（九三一～三八）になると急に活動が活発化し、賊船一〇〇〇余艘が海上に浮かんで官物奪取・殺害を続けたため、瀬戸内海における海上交通も途絶状態となる。朝廷はその対策として承平六年（九三六）紀淑人を伊予守兼追捕南海道使に任じ、藤原純友らに海賊制圧を行わせる。紀淑人の懐柔策が効を奏し、一〇〇〇人を超える海賊が帰順、その動きはいったん収まる。しかし、天慶二年（九三九）一二月に東国で平将門が乱を起こすや、純友はこれに乗じ立場を一転して海賊の首領となる。畿内から西海道東部にかけての諸勢力を集結し、一大勢力となった純友の海賊連合軍は、京都に連夜放火して社会不安を醸成するとともに、上京途上の国司を捕らえたり、備中・淡路を襲い兵器を奪いとったりした。朝廷は小野好古を追捕凶賊使に任ずるかたわら、東西両面作戦を回避するため純友に従五位下を授け懐柔しようとする。天慶三年（九四〇）二月、小野好古から純友が海路上洛中との報が入り、政府は山崎・川尻の警固を強化し緊張が高まるが、純友軍の京都突入はなかった。誤報か、直前に平将門の敗死の報を得て中止したためであろう。以後、純友は位階を受け、海賊の活動も低調になる。
　一方、平将門の乱を鎮定して自信を回復した政府は純友を徴発する。天慶三年八月、純友は再び行動を開始し、伊予・讃岐を襲い、一〇月には大宰府追捕使の軍を破り、一一月には周防鋳銭司を焼き、一二月には土佐の幡多郡で合戦した。この頃より追捕山陽南海両凶賊使、および諸国に配置された警固使らの活躍により、純友軍の幹部のなかに戦死したり捕虜となったり、内応する者が相次ぐようになる。天慶四年（九四一）五月、純友は大宰府を襲うが、小野好古・源経基・藤原慶幸・大蔵春実らの奮戦により撃破される純友は天慶四年六月に本拠地である伊予の日振島に逃げかえるが警固使の橘遠保によって討たれる。同年一一月までには純友の与党も各地で討たれる。