中下級の家臣団は藩からの貸付米銀に頼らざるをえなかったが、それでも窮状を凌げない場合には、知行地の経営を放棄することもあった。寛永五年(一六二八)、惣奉行は鏡善右衛門尉の件について、藩主忠利の裁定を求めた。鏡は八〇石の知行地を与えられ、船手惣奉行を勤めていた。彼は藩の貸付米を与えられていたが、それでも困難となり、扶持切米取となることを希望している。これは強制でなく、申請による知行地経営の放棄である。結局、鏡の要求は許可されず、寛永七年には、一〇〇石の加増を受けて一八〇石の知行取となっている。
　また寛永三年(一六二六)、沢権七(知行高一五〇石、側小姓)は「知行悪しき」ことから上方供奉を断り、在郷したいと言ってきた。同日には、惣奉行を勤めた横山助進も同じ要求を出し、両者とも許可されている。これら軍役を忌避する家臣への対策として、寛永四年「奉書」には、
　

とある。藩主忠利は、軍役遂行のできない者の上知を定める。ただし知行地を「召し上げ」るのでないと定められている。つまり、知行地を一時的に藩が管理することであり、「御蔵納同前」と呼ばれている。藩の代官が知行地を管轄し、口米や庄屋給なども蔵入地並みに行われている。
　このような上知は、細川氏の熊本移封後にもみられ、財政逼迫した家臣が知行地を藩に預けることをいい、その間は軍役を免除し、財政規模を縮小させて借財を返させた。
　家臣たちを困窮に導く原因の第一は、藩主への軍役奉仕にあるが、それとともに当時の村落状況が大きく規定した。細川領の村々では農民が決して定着しておらず、激しく動いており、そうした走り者の多発が知行地経営に大きく影響を与えていた。寛永三年(一六二六)に藩主忠利は、経営困難となった知行地を代官の管理下におくことを定めた(寛永三年「奉書」)。原因は、家臣のみで「百姓走り候跡の田地」を維持できなくなったからである。家臣たちは走り者の跡地に新百姓を仕立てたり、庄屋に「請作」させたり、また手作りして耕作を維持しようとするが、独自に対応できない事態となっている。走り者の頻出による知行地経営の悪化が、家臣の財政困窮を招き、それを解消しようと年貢増徴を強行すれば、走り者が多発するという悪循環をなしていた。