塾生の力に応じて、各級の教科課程を定めていたようだ。教科書は現在、仏山堂文庫にあるが、具体的にはどのように使用されたか分からない。古賀武夫著『村上仏山を巡る人々』によれば、「仏山堂日記」に出てくる書名の頻度は、『古文』、『大学』、『蒙求』、『史記』、『孟子』、『外史』などの順である。それ以外に『左氏伝』、『三字経』、『国語』、『詩経』、『唐詩』、『六如庵詩集』、『詩聖堂集』などの詩に関する書籍が多い。
　塾生は最初、四書五経など代表的な漢籍の素読を受け、その後、経書の講義を受けると共に、自習によって、研究した事柄を輪番制で発表する会読、輪読も課せられる。やがては経書のほかに文章規範や古文真宝などの文集や歴史書が課せられ、それに詩文会に自作の詩文を発表して、批正(ひせい)を請うことも重要な課業の一つとなり、次第に自発的、創作的な学習を進めていくのである。
　毎月末日には進級試験が行われていた。翌月朔日に昇級の発表があり、席序と等級が決められて、進級者によるお礼の酒宴がある。それに親孝行の仏山は母を招いた。これも自身の親孝行、忠孝心のためだけでなく、塾生への言行一致を示すものであった。このことからもわかるように、水哉園では進級よりも徳、行の実践を重んじた人間教育に重点をおいていた。
　次の詩は天保七年、仏山が二七歳で、母のお民が六〇歳の時のものである。
　

　
　この詩ほど仏山の母親への孝心をよく表しているものはない。詩集の評者も次のようにいう。
　
　「輿情が潘れる。人をして一読一泣せしむる詩だ」(梁川星巌)
　「結びに最も孝恩が見られる」(後藤春草)