旧拝島村の鎮守。創建年代は詳らかではありませんが天暦年間（947～957）に大日堂が建立された際、その守護社として創建されたともいわれています。その後、寛保元年（1741）に山王大権現の称号を許されたのを記念して社殿再建、神輿新造などが行われ、今日の基礎が築かれました。江戸時代には大日堂の管轄下にありましたが、明治になって独立し、社号も日吉神社に改められました。現社殿は安政２年（1855）に再建、平成20年（2008）７月に大修理が行われました。