古刹として著名な大日堂と天台宗の守護社である日吉神社によって形成されています。歴史的建造物を中心に旧態をよく留め、典型的な天台宗の寺域を構成しており、東京都内でも数少ない場所の一つです。

下図は普明寺所蔵「拝島山密厳院浄土寺真景全図」などから作成した明治31年（1898）当時の境域図です。右の仁王門の写真などからも、この境域が旧態をよく留めていることがわかります。一方で、念仏堂など現状と異なる建造物があったり、一部建造物の位置が現状と異なったりしています。