復領後の藩の職制は、前藩制と同じく家老および用人が藩政の要務をつかさどり、その下に寺社町奉行、町吟味役、沖ノ,口奉行、同吟味役、勘定奉行、同吟味役、作事奉行および目付があり、箱館には箱館奉行、江差には江差奉行をおいて