船渠の設備が完成した矢先、37年には日露戦役が勃発した。船舶は多数軍用船に徴発されたため、船舶の入渠・修理は激減し、期待された大船渠の築造による業績の進展はみられなかった。前掲表9－17(創業総会までの経歴)の予算収入63万円には到底及ばず、営業成績は前掲表9－21の通り、37年は欠損、38年は戦争も終結して収入は約41万と増加したが、依然欠損が続き、38年末の累積損失は8万3429円となった。安田銀行からの借入金60万円は返済期限を延期はしたものの、38年10月には返済不可能ならば差押えるという厳しい督促があり、経営の危機は極限に達した。こうした窮況に至った原因を第19回の総会(39年1月)において、株主の梅浦精一(元石川島造船所専務)は次のように発言している。
 

 
　39年1月早々より、善後策を求めるべく、さきに相談役を辞任した渋沢は再び整理委員にあげられ、近藤廉平、大倉喜八郎、加藤正義、浅野総一郎等の整理委員とともに、函館より上京した役員を加えて会合を重ねた。そして、前に横浜船渠の社長であった男爵川田龍吉に再建を託することになる。この間の事情を渋沢は明治42年の『実業の世界』(第6巻第7号)で次のように述べている。