開拓が始められて十三年後の明治四年、廃藩置県の例にならい、宗教団体開発の桔梗野の地も政府へ返納されることになった。返納に当って本願寺は一村独立を希望し、箱館御坊留守居、能量寺岡崎元肇より開拓使農政役所に桔梗野開発場の一村独立を出願し、明治四年五月十八日付で認可を受け、希望通り桔梗村として一村独立することになった。