明治十一年七月二十二日大政官により「郡区町村編成法」が制定され、これに基づき明治十二年七月大小区画が廃止となり、新たに郡区町村制が発足することになった。すなわち明治十二年七月亀田上磯郡役所が亀田村に、茅部山越郡役所が森村に設置される運びとなり、両所共に明治十三年一月に開庁され、同時に従来各村ごとに置かれていた村用係は廃されることになった。このときの郡は行政区画として置かれたもので、その役所は開拓使の下部行政機関であり、郡長の業務は開拓使長官の下にあって法律や命令を郡下に施行し、郡内の事務を統一管理することであった。その後明治二十一年三月の行政改革により、前記四郡役所を合併し、その役所を七飯村に設置して亀田外三郡役所と称し、明治三十年十月廃止となるまでこの体制がとられた。
　なお、郡役所は明治三十年十一月廃止され、同月郡役所の業務を引き継ぐ亀田支庁が七飯村に設置され、更に明治三十二年十月には函館支庁と改称され、七飯から函館に移転された。