亀田土地改良区は設立以来事業計画に基づき着実な活動を続けてきているが、昭和三十一年函館市中野ダム着工のころからの問題であった亀田川上流水利権については、亀田川水利の完全確保のため、函館市に対し再三にわたって交渉を続けてきた。しかし、この問題の結論を見ないまま昭和三十五年まで持越されてきていたところ、同年四月二十六日亀田村青年研修所において函館市、亀田土地改良区との合同協議会がもたれ、両者互いに条件譲歩の了解となり、同五月十二日函館市役所において両者円満協定をみ、調印をした。長年の懸案であった亀田川上流水利権問題に終止符が打たれたわけで、河川からの引き水に伴う灌漑管理関係も容易に実行されることになった。