地理的、歴史的に必然な合併は、官制によることなく、古くから行われていた。小規模な村落は、一族の集団でもあり、交流も狭い範囲であったが、明治以後は藩主や奉行などの統治から離れ、経済交流範囲の拡大により、相互の利害関係や宗教、特に神社を中心とした氏子の問題、あるいは協力の親密度によって自然に融合し合併することが認められた。『明抬十二年各村合併飛地編入取裁録』（道行政資料課）によれば、地租創定取調に関連して、「村の合併の必要説明」を、函館支庁在勤地租創定取調専任開拓少書記官柳田友卿から開拓使長官黒田清隆あてに、次のとおり提出された。
　
　　　　　合併ヲ要スル各村左ノ通
　　　渡島国亀田郡
　　七重村飯田村合併改七飯村　中島村大川村合併改大中山村　深堀村下湯川村合併改下湯川村　鷲巣村上湯川村合併改上湯川村
　
また、飯田村百姓一同からは、合併を許可されるように嘆願書を提出していた。地租創定という事情もあったけれども、この時に前記のように深堀村と下湯川村、鷲巣村と上湯川村の合併も成立した。