なお明治元年四月十二日に箱館裁判所の設置が決定されたのであるが、すぐ後の閠四月二十四日には東京の新政府において「箱館府」とその名称を改めた。しかし遠隔地である北海道との伝達が充分でないため、同年五月一日の開庁時には事実上箱館裁判所という名称で開庁され、以後箱館裁判所と箱館府が混用されていた。