前項でも記したように開拓使廃止後に設置された三県は(函館・札幌・根室)、その行政政策の不統一、経費のかかり過ぎ、開拓事業の不振などのため実施後わずか四年で廃止されることになった。
　このため政府は、全道を統一し北海道開発の進展と中央集権の強化をねらいとして、行政機構の改革をはかることになり、明治十九年一月二十六日北海道庁新設の布告書を発布した。
　
　　　北海道ハ土地荒漠、住民稀少ニシテ富庶ノ事業未ダ普ク辺隅ニ及ブコト能ハズ、今全土ニ通ジテ、拓地殖民ノ実業ヲ挙グルガ為ニ、従前置ク所ノ各庁分治ノ制ヲ改ムルノ必要ヲ見ル。因テ左ノ如ク制定ス。
　　　　　第一
　　　函館・札幌・根室・三県並北海道事業管理局ヲ廃シ、更ニ北海道庁ヲ置キ、全道ノ施政並集治監及屯田兵開墾授産ノ事務ヲ統理セシム。
　　　　　第二
　　　北海道庁ヲ札幌ニ、支庁ヲ函館・根室ニ置ク。
　
　初代北海道庁長官に任ぜられたのは、高知藩出身の司法大輔岩村通俊で、元函館県令の時任為基や元根室県令湯地定基その他が理事官に任ぜられていた。道庁の官制は明治十九年十二月の勅令に依って定められ、北海道庁長官は内閣総理大臣の指揮監督下に属し、各省の事務に関することについては、各省の指揮監督を受けながら北海道の拓地・殖民・警察に関するいっさいの事務を統理し、屯田兵開墾授産の事をすることが主務とされた。