明治十五年二月八日開拓使が廃止され代わって北海道に函館・札幌・根室の三県が設置され、これに伴って同年三月十一日函館警察本署及び分署が設置となり、次のような管轄区域を受け持つことになった。
　　　組織　　　　　　　　管轄区域
　　函館県警察本署
　　函館警察署　　　　　　函館区・亀田郡
　　函館警察署恵比須分署　函館区の一部
　　　〃　上磯分署　　　　上磯郡
　　　　　　　　(「中央署百年史」より略記)