第二次発掘調査は、翌年(一九五六)の夏休み(八月十一日～二十一日)を利用して実施された。この調査は貝塚の調査によって得た年代の物差しによって、集落の構造を究明することに重点を置くものであったが、調査の結果、住居跡九戸分を確認し、住居の近くには人骨の埋葬があることも明らかにした。なお、夏期の調査で一部未確認のところが残ったので、同年十二月に第二次調査の補掘を行なっている(後藤守一編『蜆塚遺跡』その第二次発掘調査)。