こうして、昭和二十四年(一九四九)八月二十日から九月一日まで、伊場遺跡保存会による、第二期調査が実施されることとなった。しかしこの調査では期待されたほどの結果は得られず、弥生時代の文化層の上に古墳時代以降平安時代にいたる文化層が重なっていることが知られた。