通親は外孫の為仁(ためひと)親王を皇位につけることに努力し、幕府の反対を顧みず、後鳥羽天皇も幕府の意志を無視して譲位の準備をすすめる。為仁親王は建久九年(一一九八)正月即位し、土御門(つちみかど)天皇(一一九五-一二三一)となる。そして後鳥羽上皇による院政がはじめられると、通親は院の別当となり、院政の実権もにぎった。