幕府の朝廷に対する不信感は、けしさることができない。後鳥羽上皇を頂点とする一群の人々のほかに、多くの貴族は生きつづけているからである。幕府の出先機関の京都守護を拡充強化して、六波羅探題(ろくはらたんだい)とした。それは幕軍の総指揮官泰時・時房の両人が京都六波羅(京都市東山区松原町付近)の邸で、乱後の処置にあたったことから命名されている。のち、この職には北条氏一門のうちでも執権につぐ有力者二人を任命することになった。朝廷と在京御家人の監視、朝廷との交渉、尾張(愛知県)以西の西国の統轄、地頭御家人に対する裁判がおもな任務である。