幕府は、朝廷の許可によりその支配に属しない荘官などの非御家人を徴集したり、朝廷の管理下にあった諸国の国分寺(こくぶんじ)・一宮(いちのみや)などに命令できることになった。幕府の支配権が大幅に拡大、浸透したわけである。しかし非御家人(ひごけにん)を幕府の支配下に入れると、御家人制という幕府の基礎と、どのように調和させるかが問題になる。西国方面で、外様(とざま)の守護を大幅に北条氏一門と交代させたり、戦後に鎮西探題を博多(福岡市)において、北条氏一門を任命した。これらは北条氏の権力を強化するのに役だったが、その反面武士たちの反感と恨みをかい、幕府の滅亡を早めた。