政令指定都市への移行に合わせて事務機構改革も実施された。まず、市行政の総合的な企画と都市計画、事業の調整、区役所の連絡調整などにあたる企画調整局を新設した。施設局を都市開発部に、民生局を厚生局に名称変更するとともに、衛生局公害部・清掃部と新設の緑化推進部を統合して環境局を新設した(以上四十七年四月一日)。また四十七年五月一日より助役を三名体制としたほか、四十八年八月一日より局および秘書室に理事(局長職)、参事(甲部長職)、副参事(乙部長職)を、部に副参事をおくことができるとし、幹部職員ポストの増設と分業化を行った。
　その後、五十年までに、①下水道局の新設、②交通事業と水道事業を合わせた企業管理者の設置、③総務局財政部・税政部・管財部を独立させた財政局の新設、④秘書室広報課・広聴課、企画調整局区政部、厚生局青少年部を統合した、広報部、市民部、青少年婦人部からなる市民局の新設(広聴課は「市民の声を聞く課」に改称)、⑤秘書室廃止、などが行われた(以上、札幌市機構変遷年表)。