宗門改めは早くから行われ、すでに元禄4年の覚にも見られる。また享和3年にも将軍から箱館奉行に黒印の下知があり、そのなかに「耶蘇宗門弥為二制禁一之間守レ之、無二油断一可レ遂二穿鑿一事」とあり、宗門改は厳重を極め、町役所の重要な仕事として、年々宗門人別調が行われた(第3章第4節参照)。