サイベ沢遺跡の調査は、昭和四十年十二月にも行われた。これは桔梗台地に南北に走る農道工事にかかわる緊急調査であり、市立函館博物館の吉崎昌一らによって、亀田町教育委員会大河弘成社会教育課長、亀田町農業協同組合北原善通、大久保末吉らの協力を得、サイベ沢右岸の台地が発掘された。農道工事で一部は破壊されたが、円筒土器文化終末期の住居跡三基を発掘し、『サイベ沢B遺跡調査報告－北海道亀田郡亀田町における縄文文化中期末遺跡の緊急調査－』と題する報告書が昭和四十二年二月に出されている。