石崎漁業協同組合の下部組織として、平成七年現在、八つの地区(字)に、崎実行組合、崎野実行組合、石崎実行組合、中村実行組合、白石実行組合、目名松実行組合、谷地一実行組合、谷地二実行組合の八実行組合が存在する。
　昭和二十年代以降、組合員数が二〇〇名以上いれば総代制が可能となり、四五名余りの総代が八地区から各地区の組合員数に応じて選出され、各地区を代表していた。しかし昭和五十八年から組合員数が二〇〇名を割ったために、総代制から組合運営委員制へと移行した。昭和五十八年当時は、三一名の運営委員が選ばれていたが、組合員数のさらなる減少にともなって、平成七年現在では、委員の数は二五名まで減少している。
　そのほか漁業協同組合内部の任意団体としては、昭和四十年代末あたりから増養殖推進部会が創設され、昆布やワカメの養殖技術、管理の改善活動をおこなってきた。この部会の成員は、八つの地区実行組合から選出された代表から構成されていた。