実験所の位置は尻岸内村字豊浦（豊浦の西南端部）、敷地は魚付保安林に囲まれた傾斜地225坪、緩やかな傾斜地を地ならしして実験所を建築。建物本体は建坪30坪の木造で一部2階建、延べ44坪である。内部は1階、実験室（12坪）・研究室兼事務室（4坪）・物置・便所となっており、2階は、宿直室と泊まり込みで研究するための宿泊室（8畳間2室）がある。電力は専用のトランスにより昼夜ともに供給され、研究室・実験室には差込装置が設けられている。
　その他、採取・観測用手漕ぎ磯舟1隻と小型発動機船（ちどり）が配置されている。