二級町村制施行に伴い、戸井村外一村戸長役場の管轄区域に、二級町村制が施行され、戸井村、小安村を統合して村名を戸井村とし、旧戸井村及び小安村を大字(おおあざ)として残し、戸井村役場の庁舎は、戸井戸長役場の建物をそのままこれに当てた。
第十代戸長多田作太郎は自然退職となり、引続き初代村長に任命された。
明治三十五年(一九〇二)上野寛が二代村長に任命された。
明治三十八年(一九〇五)十二月三日阪井一健が三代村長に任命された。
明治四十年(一九〇七)十月三十一日、清水暉元が、四代村長に任命された。明治四十二年(一九〇九)一月二十四日、萩田署長の送別会の晩、失火により役場庁舎及び重要書類一切を焼失した。
明治四十二年(一九〇九)三月二十七日、宮崎喜一郎が五代村長に就任した。着任早々役場庁舎の再建に奔走した。
明治四十三年(一九一〇)十二月二十日、役場庁舎が落成した。
大正元年(一九一二)十二月二十五日、千葉忠次郎が六代村長に任命された。
大正三年(一九一四)十二月十六日、林昌雄が七代村長に任命された。
大正五年(一九一六)九月、砂山武俊が八代村長に任命された。
大正六年(一九一七)四月一日、国府盛恒が九代村長に任命された。
大正六年(一九一七)十月二十七日、亀谷熊次郎が十代村長に任命された。
大正八年(一九一九)四月一日、戸井村に一級町村制が施行された。
大正八年(一九一九)八月十九日、菊地庫太が一級町村の最初の村長に選ばれ、十一代村長に就任した。菊地村長は村長就任前は戸井警察分署長を勤めた人である。
大正十一年(一九二二)函館支庁が渡島支庁と改称された。
昭和二年(一九二七)九月、川内源吉が十二代村長に就任した。川内村長は明治三十九年から一ヶ年、小安小学校長を勤め、臼尻小学校に転任した人である。
昭和六年(一九三一)九月、足達敬太郎が十三代村長に就任した。
昭和九年(一九三四)二月、砂子賢次郎が十四代村長に就任した。
昭和十五年(一九四〇)四月、小貫頼経が十五代村長に就任した。
昭和一八年(一九四三)山本勇作が十六代村長に就任した。山本村長の時代は、太平洋戦争の末期で、戦局が次第に不利になって来た時期から、終戦後にかけての、最も困難な時期であった。
昭和二十年(一九四五)八月十五日、太平洋戦争が終結し、戦後村長、助役が戦争犯罪人として公職から追放され、伊藤直人が村長代理者として、村行政の執行に当った。