鳥類の種類は確認された種だけで三八科、三亜科、一一五種(森口鳥類目録・昭和五十六年)その中で留島のエゾライチョウ、キジ、クマゲラ、アカゲラ、コゲラ、スズメ、ハシブトガラス、ハシボソガラスなどが生息しているが、ほとんどの鳥は渡り鳥で、南茅部町でも繁殖するホオジロ、アオジロ、キジバト、アオバト、ハクセキレイ、モズ、ノビタキ、イソヒヨドリ、オオルリ、ホオジロ、アオジなど多くいるが、さらに北のサハリンあるいはアラスカ、シベリアなどの北方圈に繁殖地をもつウミスズメ、アカエリヒレアシシギ、ワシカモメ、シロカモメなどが繁殖期が終わると渡りをはじめる。渡りの時期は種類によって異なるが早い鳥のシギ類は夏から始まり、多くの鳥は秋から冬にかけて南下して越冬あるいは休息、通過して本州へ渡り、遠くへ行く鳥はツバメ、ウズラのようにフィリピン、オーストラリアへ行くものもある。春には再び北上して来る。地方で繁殖する鳥は繁殖が終わって南下するものが多いが、ハシボソミズナギドリなどのようにオーストラリアで繁殖する鳥は北上して途中南茅部沿岸にも立ち寄る。此等の渡り鳥は繁殖、採餌、休息、越冬のためほぼ一定のコースを通って飛来するが、ときには分布の拡大や台風の影響などで分布の異なる地域から迷鳥としてササゴイなどが飛来している。鳥は渡りあるいは移動の方法により、繁殖のために飛来する夏鳥、春秋の渡りのときに立ち寄る旅鳥、越冬のためなどに飛来する冬鳥、地域内を移動してあるく漂鳥に分けられている。また、迷鳥もある。移動や渡りも分け方が困難な場合もある。例えば同じ種類でも地域にとっては夏鳥であったり旅鳥であったり、留鳥であったり渡りをする鳥もある。
　多くの渡り鳥は渡島半島周辺を通過する場合が多く、南茅部町はその渡りのコースの中にある。